Pierwszym prezesem klubu został wybrany Józef Zając, który sprawował tę funkcję w latach 1962-2010, czyli nieprzerwanie przez 46 lat. W 1962 roku zarząd klubu powołał do działalności sekcję tenisa stołowego, piłki nożnej i brydża sportowego. Natomiast w kolejnych latach powstały sekcje szachów (1968) i kolarstwa szosowego (1979). 

Do roku 1990, działalność klubu była głównie finansowana przez spółdzielczość mleczarską.  W następnych kilku latach przez Zakład Obrotu Towarowego, wyodrębniony w strukturach klubu. Pierwszą siedzibą były pomieszczenia Okręgowej Spółdzielni Mleczarskiej przy ul. Bema 5a, czyli w miejscu, gdzie obecnie jest osiedle mieszkaniowe.  

W latach 1990-2002 największe sukcesy sportowe odnosili zawodnicy w sekcji tenisa stołowego i kolarstwa szosowego. Drużyna mężczyzn w tenisie stołowym występowała w I lidze w latach 1993-2002, natomiast drużyna kobiet tylko w sezonie 1997/98. Co do rozgrywek indywidualnych w tej dyscyplinie, zawodnicy odnosili sukcesy w różnych kategoriach wiekowych. Występowali oni w zawodach, organizowanych przez Polski i Wojewódzki Związek Tenisa Stołowego, Radę Główną Ludowych Zespołów Sportowych i Szkolny Związek Sportowy. 

W sekcji kolarstwa szosowego rozkwitał talent 15-letniego Piotra Wadeckiego, który wygrywał wszystkie najważniejsze wyścigi, w kategoriach młodzieżowych, organizowane w naszym kraju. Gdy miał 19 lat, został powołany do szerokiej kadry nadziei olimpijskich. Reprezentował także Polskę, na mistrzostwach świata juniorów w USA. Jako senior, reprezentując już inne kluby sportowe, wygrał 53 Wyścig Pokoju, był 5-krotnym indywidualnym mistrzem Polski, olimpijczykiem z Sydney i wielokrotnym uczestnikiem mistrzostw świata. Po zakończeniu kariery zawodniczej, pełnił funkcję trenera kadry narodowej kolarzy szosowych. Jego podopieczny Michał Kwiatkowski w 2014 roku został mistrzem świata w wyścigu ze startu wspólnego. 

Ze względu na trudności finansowe klubu, zostają w jego strukturach zlikwidowane kolejne sekcje: brydża, szachów, piłki nożnej seniorów (1996), a następnie kolarstwa szosowego (2002) i piłki nożnej młodzieżowej (2007). Od 2007 roku w klubie funkcjonuje tylko sekcja tenisa stołowego. 

W 2012 roku następuje zmiana w nazwie Mlexera, z Ludowego na Elbląski Klub Sportowy, co ma jednoznacznie utożsamiać środowisko sportowe klubu z miastem. EKS Mlexer to jeden z najstarszych klubów w Elblągu. Uroczyście obchodził swoje 50-lecie (2012 rok), 55 lecie (2017 rok) i 60 lecie (2022) z udziałem byłych i obecnych zawodników, trenerów, działaczy sportowych, władz miejskich i wojewódzkich. 

Prezesi klubu: 

Józef Zając – 1962 – 2010, Rafał Siwko – 2011 – 2015, Grzegorz Bojanowski – 2015 – 2016, Mirosław Kozłowski – 2016 – 2022, Paweł Gołębiewski – 2022 – 30.04.2024, Henryk Wojciechowski – 01.05.2024

Od kilku lat sekcja tenisa stołowego zadomowiła się w specjalistycznej sali treningowej w Hali Sportowo -Widowiskowej Miejskiego Ośrodka Sportu i Rekreacji, przy Al. Grunwaldzkiej 135. Trenerzy szkolą tam zawodniczki i zawodników we wszystkich kategoriach wiekowych. Obecnie sekcja liczy kilkudziesięciu członków, w wieku od skrzata do seniora. Klub prowadzi stały nabór, szkoli dzieci i młodzież, biorącą udział w turniejach rangi wojewódzkiej i ogólnopolskiej. Bierze udział także w rozgrywkach ligowych Warmińsko-Mazurskiego Związku Tenisa Stołowego, organizuje cykliczne turnieje dla wszystkich chętnych, bez względu na wiek i poziom sportowy. 

Zapraszamy do Mlexera, u nas każdy może grać!